Oikeudessa Stefanus VI muun muassa syytti Formosuksen toimineen piispana kahdessa paikassa yhtä aikaa kirkon lakien vastaisesti. Syytösten tarkoitus oli todennäköisesti peitellä sitä tosiseikkaa, että Stefanus oli itse syyllistynyt samaan.
Maanjäristystä pidettiin enteenä
Koska juuri Formosus oli nimittänyt Stefanuksen piispaksi, tämä yritti saada kuolleen paavin tuomituksi, jolloin kaikki tämän tekemät päätökset mitätöitäisiin.
Ruumis ei tietenkään voinut puolustautua, eikä edes monen huonona enteenä pitämä maanjäristys saanut Stefanusta perääntymään. Formosus tuomittiin, ja hänen ruumiinsa heitettiin Tiberiin.
Roomalaiset eivät kuitenkaan katsoneet hyvällä Stefanuksen toimia, ja hän päätyi pian vankilaan, jossa hänet kuristettiin.