Kreikkalaiset ja roomalaiset järjestivät jo antiikin aikaan salaisia vaaleja varmistaakseen, että ihmisiä ei lahjottu tai uhkailtu äänestämään tietyllä tavalla. Roomalaiset säätivät jopa lakeja, jotka määräsivät, että myös tärkeiden virkamiesten vaalien piti olla salaisia.
Nykyään vaalisalaisuus on yksi demokratian kulmakivistä, koska se varmistaa, että ihmiset voivat äänestää nimettömästi ja oman tahtonsa mukaisesti. Siksi vaalisalaisuus on kirjattu monien maiden perustuslakiin.
Australia oli uudella ajalla ensimmäinen maa, jonka kansalaiset saivat äänestää salassa.
Vaalisalaisuus otettiin ensinnä käyttöön Australiassa
1800-luvun alkupuoliskolla muutamat maat, kuten Ranska ja Alankomaat, ottivat käyttöön salaisen äänestystavan. Äänestysliput eivät kuitenkaan olleet identtisiä, ja niiden värin tai koon perusteella vaalivirkailijat pystyivät päättelemään, mitä puolueita ihmiset äänestivät.
Uuden ajan ensimmäiset nykyisen kaltaiset salaiset vaalit järjestettiin helmikuussa 1856 Australiassa Tasmanian saarella.
Sittemmin valtaosa länsimaista on ottanut käyttöön Australian mallin. Siinä äänestäjille jaetaan äänestyspaikoilla virallinen äänestyslipuke, jossa on kaikkien ehdokkaiden nimet. Sitten äänestäjä valitsee ehdokkaansa äänestyskopissa muiden katseilta piilossa.
Suomessa vaalisalaisuudesta säädettiin ensi kertaa Suomen Suuriruhtinaanmaan vaalilailla vuonna 1906.