Dominus mundi
Hän sai latinankielisen tittelin Domus mundi (maailman herra). Käytännössä se tarkoitti sitä, että hän hallitsi lukuisia Keski- ja Itä-Euroopassa sijainneita ruhtinaskuntia. Hänen ensimmäinen päätöksensä oli tehdä asuinkaupun-gistaan Prahasta hallintokaupunki. Hänen isänsä oli hallinnut Wienistä. Sen jälkeen hän pysyi böömiläisessä pääkaupungissaan suurimman osan elämästään. Hän ei pitänyt matkustamisesta eikä lähtenyt Prahasta ellei tautiepidemia häntä siihen pakottanut.
Rudolfin mielenterveys ei ollut tarpeeksi vahva hallitsijan toimeen. Paperilla hän oli muun keisarillisen perheen tavoin katolinen. Isänsä Maksimilianin tavoin hän pyrki koko ikänsä pysymään puolueettomana protestanttien ja katolisten välisessä kiistassa, joka oli jakanut saksalais-roomalaista keisarikuntaa sen jälkeen, kun Martti Luther naulasi kuuluisat teesinsä vuonna 1517. Jako oli näkynyt myös hänen lapsuudessaan, sillä hänen isänsä tunsi sympatiaa protestantteja kohtaan, äiti puolestaan oli vakaa katolinen.
Tyko Brahen mesenaatti
Jos Rudolf oli heikko hallitsija, sitä vahvempi hän oli mesenaattina. Suurella ilolla ja intohimolla hän toimi aikansa huomattavimpien taiteilijoiden ja tiedemiesten tukijana. Tähän joukkoon kuuluivat muiden muassa maalari Giuseppe Arcimboldo sekä tiedemiehet Johannes Kepler ja Tyko Brahe.
Rudolf ei ollut kiinnostunut politiikasta, mutta mitä taiteeseen tai tieteeseen tuli, hänelle kelpasi vain paras. Hänen taiteen ja kuriositeettien kokoelmansa oli aikansa mittavin. Ne harvat, jotka pääsivät kokoelmaa ihastelemaan, kuvailivat sitä maailman kahdeksanneksi ihmeeksi.
Elävä tietosanakirja
Rudolf halusi luoda mikrokosmoksen, elävän tietosanakirjan, jossa hän ja hänen tukemansa taiteilijat ja tieteilijät voisivat tarkastella sitä, miten elämä toimii. Rudolfin puutarhoissa, talleissa ja eläintarhoissa oli niin eläviä olentoja kuin kasveja ja kuolleita otuksia.
Taiteilijat eivät Rudolfin hovissa olleet hovimaalareita vaan hänen ystäviään ja neuvonantajiaan, myös sellaisissa asioissa, joiden punnitsemiseen heidän tietonsa ei riittänyt. Tyko Brahe ei esimerkiksi ollut mielissään siitä, että Rudolf saattoi mihin aikaan hyvänsä haetuttaa hänet linnaan laatimaan horoskooppia itselleen tai kesyille leijonilleen.
Masentunut monarkki
Keisari oli tunteellinen ihminen ja kärsi elämänsä aikana syvistä masennuskausista. Yhä useammin hän sulkeutui linnaansa taiteen, horoskooppien, omituisten koneiden ja eksoottisten eläinten pariin. Hänen lähellään oli enää lähinnä korruptoituneita virkamiehiä ja suhde ulkomaailmaan oheni.
Rudolfin puolueettomuus aikansa konflikteissa oli hyväntahtoista, mutta maailmassa, joka oli jatkuvassa sodassa, Euroopan suurimman valtakunnan johtajalta kaivattiin kannanottoja erilaisiin asioihin. Se oli usein liikaa vaadittu.
Eli poikamiehenä
Lisäksi monet hänen läheisistään vaativat, että hän menisi naimisiin, jotta voisi saada kruununperillisen. Habsburgien keisarisuvun naimakauppoja olivat aina ohjailleet poliittiset intressit enemmän kuin rakkaus. Pitkään ajateltiin, että Rudolf naisi espanjalaisprinsessa La Infanta Isabella Clara Eugenian, mikä sitoisi Habsburgien valtakunnat yhteen ja kattamaan lähes puolet maanosasta.
Niin ei tapahtunut, sillä La Infanta kyllästyi Rudolfin päättämättömyyteen ja nai tämän veljen Albrektin. Rudolf yhdistettiin myös Itävallan arkkiherttuatar Annaan, mutta ei lopulta huolinut myöskään tätä.
Keisari ei koskaan löytänyt virallista puolisoa, mutta joidenkin tietojen mukaan hän meni salaa naimisiin valtakunnanantikvariaatin pitäjän köyhän tyttären kanssa ja sai hänen kanssaan viidestä kahdeksaan lasta. Yhden tytöistä kerrotaan syntyneen päivää ennen keisarin kuolemaa.
Tuomiopäivä?
Ympäristön paine sekä ulkopolitiikkaan että kruununperimykseen liittyen kasvoi 1500-luvun viimeisinä vuosina. Vuosisadanvaihteen lähestyessä Rudolfin mielenterveys meni alamäkeä. Hänen käytöksensä muuttui yhä oudommaksi, ja valta valui hänen käsistään.
Yleistä kauhua valtakunnan asujainten keskuudessa aiheutti ennustus, jonka mukaan tuomiopäivä koittaisi vuonna 1600. Huoli levisi myös valtakunnan huipulle. Rudolf oli varma, että isänsä tavoin myöskään hän ei eläisi 50-vuotiaaksi. Hänen omat astrologinsa olivat myös kertoneet, että vuosisadanvaihde toisi tullessaan onnettomuuksia.
Lukittautui sisälle
Kun 1600-luku oli alkanut ilman suuria mullistuksia, Rudolf sai yöllä väkivaltaisen raivokohtauksen. Hän erotti kaksi lähintä neuvonantajaansa, jotka varmasti olivat korruptoituneita mutta pitivät silti osaltaan valtakuntaa koossa. Sen jälkeen Rudolf kätkeytyi lukkojen taa taidekokoelmansa ja leijoniensa kanssa. Hänen puheilleen pääsyä sai odottaa kuukausia. Keisari oli lähes paranoidi ja yritti ainakin kerran itsemurhaa.
Rudolfin vanhin pikkuveli, jonka kanssa hän oli kasvanut Espanjassa, oli nimeltään Ernest. Oli päätetty, että Ernest perisi kruunun, jos Rudolf luopuisi siitä tai kuolisi ilman perillisiä.
Ernest oli pidetty mies, jolla oli samoja harrastuksia Rudolfin kanssa. Kun kävi yhä ilmeisemmäksi, että Rudolfin olisi jätettävä keisarius, Ernest kuoli yllättäen epämääräisissä olosuhteissa Alankomaihin tehdyn matkan aikana.
Veli Matthias vaati valtaa
Seuraavana perimysjärjestyksessä oli Matthias, kova ja älykäs mies, jolla oli paljon vaikutusvaltaisia ystäviä aatelistossa ja katolisessa papistossa. Vuonna 1608 Matthias saapui sotajoukon kera Prahaan vaatimaan, että Rudolf luopuisi ensin Unkarin ja Kroatian kuninkuudesta ja kolmen vuoden kuluttua myös Böömin.
Rudolf II kotiarestissa
Muutokset tapahtuivat ilman verenvuodatusta, vaikka Rudolf teki muodollista vastarintaa. Lopulta hän löysi itsensä kotiarestista Prahan linnasta. Keisarin tittelin hän sai pitää kuolemaansa asti.
Tiukasti katolinen Matthias hallitsi vallanottamisensa jälkeen Wienistä, hänen isoveljensä jäi asumaan mystiseen linnaansa Prahaan. Kukaan Rudolfin alkemisteista ei löytänyt ikuisen elämän reseptiä, ja hän kuoli vuonna 1612 taiteen ja rakastetun kokoelmansa keskellä.