Ruttobakteeri Yersinia pestis surmasi keskiajalla kolmanneksen Euroopan väestöstä, mutta tuohon aikaan ihmisten keskuudessa jylläsivät monet muutkin mikrobit.
Bakteereilla oli nimittäin oivat mahdollisuudet lisääntyä niin maaseudulla kuin nopeasti kasvavissa kaupungeissakin. Viemäröinnin ja sanitaation puute loivat ihanteellisen kasvualustan bakteereille, jotka levisivät nopeasti ahtaissa asunnoissa ja kapeilla kaduilla sekä ihmisten että eläinten keskuudessa.
Niinpä esimerkiksi punatauti, lepra ja tuberkuloosi kukoistivat ja aiheuttivat kärsimyksiä ja kuolemaa.
KÄSIHYGIENIA

Tapa pestä kädet saippualla yleistyi Euroopassa vasta 1700-luvulla.
Saippuaa ei tunnettu keskiajalla
Keskiajalla ei ollut vessapaperia. Pyyhkimiseen käytettiin olkia, sammalta tai kankaanriekaleita, eikä suolistobakteerien kulkeutumista käsiin voinut välttää.
Kädet pestiin yleensä pelkällä kylmällä vedellä. Vain vauraimmilla oli varaa saippuaan, jonka ristiritarit toivat 1100-luvulla Eurooppaan Lähi-idästä.
Muslimien tapa syödä oikealla kädellä ja hoitaa puhdistautuminen käymälässä vasemmalla kädellä ei levinnyt Euroopassa.
Huono käsihygienia levitti tauteja, kuten punatautia eli vakavaa suolistotulehdusta.
TIETÄMÄTTÖMYYS

Kirkko uskoi, että taudit paranivat rukoilulla ja Jumalan avulla.
Taikausko hidasti taistelua bakteereja vastaan
Keskiajalla ei tiedetty sairauksia aiheuttavien bakteereiden olemassaolosta.
Epidemioita selitettiin esimerkiksi huonolla ilmalla, kehon nesteiden epätasapainolla tai vain Jumalan tahtona. Useimmat hoitokeinot, kuten suoneniskentä, olivat tehottomia, ja bakteerit saivat lisääntyä ja levitä vapaasti.
Jotkin kansanlääkintäkeinot olivat poikkeus. Nykytutkimuksissa on muun muassa osoittautunut, että keskiajalla käytetty sipulia, viiniä, valkoviiniä ja naudan sappea sisältänyt mikstuura tuhoaa stafylokokkeja.
KEITTIÖHYGIENIA

Halkeilleet puuastiat olivat bakteeripesiä, mutta harvalla oli varaa heittää kalliita keittiövälineitä pois.
Ihmiset kahlasivat saastassa
Keskiajalla keittiöhygieniasta ei ollut tietoakaan.
Aterioiden välillä astiat ja aterimet huuhdeltiin kylmällä vedellä. Bakteerit viihtyivät puisien kulhojen ja muiden keittiövälineiden halkeamissa.
Tähteet viskattiin lattialle, jossa oli kuivikkeena olkia, mutta kuivikkeita vaihdettiin harvoin.
”Alin kerros saa olla kaksikymmentä vuotta koskematta koirien ja ihmisten eritteineen, olutroiskeineen, kalanperkeineen ja muine kauhistuksineen, joita ei voi edes mainita”, kirjoitti hollantilainen filosofi Erasmus 1500-luvulla.
ULOSTEET

Käymälänä toimi yleensä kuoppa, josta ulosteet kerättiin öisin. Kuva on linnasta.
Ulosteet kasaantuivat
Keskiajan Lontoon 100 000 asukasta tuottivat päivittäin yhteensä noin 5 000 kiloa ulosteita. Kaupungissa ei ollut viemäröintiä, joten jätökset kuljetettiin pois kaupungista ja kumottiin Thamesjokeen.
Löyhkä oli niin kamala, että vuonna 1357 pormestari kielsi vankeuden uhalla kaupunkilaisia kippaamasta ulosteita jokeen.
Lakia ei kuitenkaan noudatettu, ja pian jokeen oli kasaantunut niin paljon saasteita, että ne häiritsivät laivaliikennettä.
Bakteerit kukoistivat ja kaupunkia koetteli epidemia toisensa jälkeen.
KOTIELÄIMET

Lampaat, lehmät ja siat elivät yleensä ihmisten kanssa samassa talossa.
Eläimet heikensivät vastustuskykyä
Kotieläimet, kuten kanat, lampaat, lehmät ja siat asuivat yleensä keskiajalla saman katon alla ihmisten kanssa.
Läheisyys sekä lämmitti että suojeli arvokkaita eläimiä roistoilta ja pedoilta, mutta samalla vaaralliset bakteerit pääsivät leviämään eläimistä ihmisiin.
Tällaisia olivat esimerkiksi 1300-luvulla lampaiden ja nautakarjan levittämät E. rhusiopathiae -bakteerit ja streptokokit.
Sairaudet heikensivät ihmisten vastustuskykyä niin, että myöhemmin raivonnut rutto pääsi tekemään pahasti tuhojaan.