John oli etelävaltioiden puolella, Edwin taas tuki pohjoisvaltioita ja oli kiihkeä orjuuden vastustaja. John murhasi Abraham Lincolnin, kun taas Edwin pelasti presidentin vanhimman pojan kuolemalta.
Edwin Booth oli eräänä päivänä vuonna 1864 juna-asemalla Jersey Cityssä New Jerseyn osavaltiossa, joka kuului pohjoisvaltioihin. Sisällissota raivosi, ja asemalaituri oli täynnä sotilaita ja heidän läheisiään. Presidentin vanhin poika Robert Todd Lincoln kertoi tapahtumista myöhemmin kirjeessä:
”Seisoin laiturilla odottelemassa vuoroani [ostaa makuupaikka junan makuuvaunusta]. Asemalaiturin ja junan välissä oli – kuten yleensäkin – pieni rako, ja ihmismassojen painaessa minua junaa vasten se alkoikin yhtäkkiä liikkua. Putosin rakoon jalat edellä, mutta silloin joku tarttui minua takinkauluksesta ja veti minut turvaan laiturille. Kun käännyin auttajani puoleen, huomasin, että hän oli Edwin Booth, jonka tunsin ulkonäöltä. Kiitin häntä henkeni pelastamisesta.”
Edwin Booth ei itse tunnistanut Robert Lincolnia ja sai tietää vasta kuukausia myöhemmin, kuka hänen pelastamansa mies oli. Tieto siitä, että hän oli pelastanut presidentin pojan, toi hänelle varmasti hieman lohtua, kun hänen veljensä ampui presidentti Lincolnin.