Kun Saksan joukot syyskuussa 1939 tunkeutuivat Puolan pääkaupunkiin Varsovaan, pommitukset tuhosivat myös osia kaupungin eläintarhasta ja tappoivat monia eläimiä.
Osa jäljelle jääneistä eläimistä joutui koe-eläimiksi, osa vietiin Saksan eläintarhoihin, ja juopuneet natsit jopa ”metsästivät” tarhassa häkkiin suljettuja eläimiä.
Lopulta suuri osa eläinten häkeistä oli tyhjillään, mutta eläintarhan johtaja Jan Zabinski löysi niille nopeasti muuta käyttöä.
Eläintarhaan otettiin juutalaispakolaisia
Hän pelasti sodan aikana yhdessä vaimonsa Antonian kanssa lukemattomia juutalaisia muun muassa Varsovan getosta ja kätki heitä eläintarhaan ja omaan kotiinsa.
Juutalaispakolaisia asui eläintarhassa muutamista päivistä vuosiin odottaessaan, että Puolan vastarintaliike onnistui hankkimaan heille väärät paperit ja auttamaan heidät pois maasta.