”Holokausti” juontuu antiikin kreikan sanasta holókauston, joka on yhdistelmä sanoista holós (kokonaan) ja kaustos (palanut).
Holókauston oli erityinen eläinten uhraamisen muoto, jossa eläin poltettiin täysin tuhkaksi. Antiikin Kreikan ja Rooman mytologiassa jumalat ottivat vastaan vain näin poltettuja uhreja.
”Holokaustista” puhui ensimmäisenä englantilainen kronikoitsija vuoden 1190 tienoilla kuvaillessaan Rikhard I Leijonamielen toimeenpanemaa juutalaisten joukkomurhaa.
Sana ei silti aluksi viitannut pelkästään juutalaisiin, ja 1600-luvulta alkaen sitä käytettiin verilöylyistä yleensä.
Vuonna 1895 The New York Times -lehti käytti sitä ottomaanien toteuttamasta Armenian kristittyjen joukkomurhasta.
Lokakuussa 1941 The American Hebrew -lehti kuvasi ensimmäisenä Euroopan juutalaisvainoja Holokaustiksi (isolla H:lla), mutta vasta 1960-luvulla sana vakiintui tarkoittamaan natsien toteuttamaa juutalaisten joukkotuhoa.