Keskiajan Japanissa ninjat toimivat palkkamurhaajina ja vakoojina, joita aateliset ja mahtimiehet palkkasivat tekemään likaiset työt puolestaan.
Ninjoilla oli huono maine
Toisin kuin samurait, jotka elivät ja taistelivat tiukan kunniakoodiston mukaan, ninjat toimivat salassa ja ilman sääntöjä, minkä vuoksi heitä halveksittiin.
Ninjaperinne hävisi 1600-luvulla Japanin yhdistymisen ja olojen vakautumisen myötä.