Paavin hallitsema Vatikaanivaltio on saanut nimensä Vatikaanikukkulasta, joka kohoaa Roomassa aivan Pietarinkirkon eteläpuolella. Kukkulan nimen alkuperä sen sijaan on hämärämpi.
Tuoreen teorian mukaan Vaticum viittasi etruskien asuinpaikkaan, josta ei kuitenkaan ole löydetty arkeologisia todisteita.
Sen uskotaan sijainneen Ager Vaticanukseksi kutsutulla alueella Rooman ja etruskikaupunki Veiin rajalla. Vuonna 396 eaa. roomalaiset valloittivat Veiin ja Ager Vaticanus liitettiin Roomaan, mutta nimi säilyi.
Antiikin aikana roomalaiset pitivät Vatikaanikukkulan lähistöllä olevaa suota epäterveellisenä ja suorastaan vaarallisena paikkana.
Kun keisari Vitellius vuonna 69 jaa. sijoitti joukkojaan alueelle, monen sotilaan kerrotaan kuolleen tauteihin.
Roomalainen kirjailija Marcus Terentius Varro esitti ensimmäisellä vuosisadalla jaa. toisen teorian kukkulan nimen alkuperästä.
Hänen mukaansa nimi viittasi muinaiseen pakanajumalaan nimeltä Vaticanus tai Vagitanus, joka antoi vauvoille kyvyn itkeä ja myöhemmin puhua.
Nimi tulee siitä, että ”va”-tavu kuulosti ilmeisesti muinaisista italialaisista pikkuvauvan parkumiselta.