Espanjalainen löytöretkeilijä Francisco Pizarro saapui inkavaltakuntaan Etelä-Amerikan länsirannikolle keväällä 1531 ja suuntasi alueen huhuttujen kulta-, hopea- ja jalokiviesiintymien houkuttamana sisämaahan 180 miehen ja 37 hevosen kanssa.
Edetessään Pizarro miehineen valtasi kaupunkeja ja alisti paikalliset asukkaat valtaansa.
Espanjan kuningas Kaarle I oli nimittänyt hänen valloittajien Peruksi kutsuman maan kuvernööriksi, ja hän lähetti tiedustelijoita etsimään sopivaa paikkaa pääkaupungille.
Inkojen tärkein kaupunki Cusco ei kelvannut, sillä se sijaitsi sisämaassa ja espanjalaiset tarvitsivat sataman voidakseen laivata Perusta saatuja rikkauksia kotimaahan.
Pääkaupungin paikaksi valittiin nykyisen Perun rannikon keskivaiheilla Tyynen valtameren rannalla sijaitseva Rimacin laakso, jossa oli miellyttävän lauhkea ilmasto, runsaasti raikasta juomavettä sekä puita rakentamiseen.
- tammikuuta 1535 Pizarro seurueineen perusti virallisesti kaupungin, joka sai nimen Ciudad de los Reyes eli ”Kuninkaiden kaupunki”. Limaksi kaupunkia alettiin kutsua vasta myöhemmin sen läpi virtaavan joen mukaan.