Suositun Margherita-pizzan nimen alkuperästä on monta tarinaa.
Yleisimmän tarinan mukaan pizza on nimetty Italian kuningattaren Margheritan (1851–1926) mukaan.
Kerrotaan, että vieraillessaan Napolissa vuonna 1889 kuningatar oli saanut tarpeekseen hienoista ranskalaisista ruoista ja pyysi kaupungin parhaana pidettyä pizzanpaistajaa Raffaele Espositoa valmistamaan itselleen kolme erilaista pizzaa.
Kaksi ensimmäistä pizzaa, jossa oli valkosipulia ja anjovista, eivät maistuneet Margheritalle, mutta kolmanteen, joka sisälsi tomaattikastiketta, mozzarellajuustoa, basilikaa ja oliiviöljyä, hän ihastui.