Suositun Margherita-pizzan nimen alkuperästä on monta tarinaa.
Yleisimmän tarinan mukaan pizza on nimetty Italian kuningattaren Margheritan (1851–1926) mukaan.
Kerrotaan, että vieraillessaan Napolissa vuonna 1889 kuningatar oli saanut tarpeekseen hienoista ranskalaisista ruoista ja pyysi kaupungin parhaana pidettyä pizzanpaistajaa Raffaele Espositoa valmistamaan itselleen kolme erilaista pizzaa.
Kaksi ensimmäistä pizzaa, jossa oli valkosipulia ja anjovista, eivät maistuneet Margheritalle, mutta kolmanteen, joka sisälsi tomaattikastiketta, mozzarellajuustoa, basilikaa ja oliiviöljyä, hän ihastui.
Esposito nimesi kuninkaallisen hyväksynnän saaneen pizzan Margheritaksi.
Tarina on kuitenkin kyseenalaistettu, sillä samanlaista pizzaa oli tehty Napolissa jo aiemmin ja Margherita-niminen pizza on mainittu eräässä lähteessä jo vuonna 1866.
Ei tosin tiedetä, millaisesta pizzasta oli kyse.
Toisen teorian mukaan Margherita-pizza on saanut nimensä päivänkakkarasta [ital. margherita], sillä siinä mozzarellapalat ja basilikanlehdet muodostavat kukkamaisen kuvion.
